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广州医科大学于1985年开始招收培养研究生；2001年，经国务院学位委员会批准，广州医科大学成为广东省首个拥有博士学位授予单位的市属高校。学校历年来十分重视研究生教育的培养和管理。1999年，学校成立研究生处；后为适应新形势下研究生教育的发展，进一步提高研究生培养质量，研究生处先后更名为研究生部、研究生学院，并于2014年在学校研究生教育开展30周年之际，研究生学院正式更名为研究生院。