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福建医科大学创办于1937年，办学历史悠久。自1981年国务院学位委员会实施学位制度始，学校即获得硕士学位授予权并从当年开始招收硕士研究生，随后于1990年获得博士学位授予权，至此建立了完整的“学士—硕士—博士”人才培养体系。1999年成立研究生处，2008年成立研究生教育学院，2014年成立研究生院。

学校研究生教育经过近40年的发展，现已拥有博士学位授予权一级学科6个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学），博士专业学位授予权学科2个（临床医学博士、口腔医学博士）；硕士学位授予权一级学科9个（生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学、医学技术、公共管理）；硕士专业学位授予权学科9个（应用心理硕士、社会工作硕士、生物与医药硕士、临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、公共管理硕士）。（数据截至2022年5月）