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徐州医科大学研究生院（研究生工作部）主要负责学校研究生教育、学科建设和学术委员会相关工作。1979年学校在科研处设立研究生科；1996年正式成立研究生部；2009年更名为研究生学院；2019年更名为研究生院，与研究生工作部、学科建设办公室和学术委员会办公室合署办公。

学校自1985年正式开启研究生教育，2010年获得招收硕士“推免生”资格，2013年建成博士学位授予单位，2014年正式开始自主招收博士研究生。