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浙江中医药大学是全国首批具有硕士学位授予权的高校之一。1978年开始招收硕士学位研究生；1998年获得博士学位授予权；2000年获准开展临床医学（中医、中西医结合）硕士专业学位工作；2003年获得中药学一级学科博士授予权，获准设立中医学一级学科博士后科研流动站；2006年成为推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生工作单位；2007年获准设立中药学一级学科博士后科研流动站；2011年获得中医学一级学科博士授予权，临床医学、药学一级学科硕士授予权；2012年获准设立中西医结合一级学科博士后流动站；2018年获得中西医结合一级学科博士授予权。