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云南农业大学党委研究生工作部、研究生处是学校学位与研究生教育及管理的职能部门。党委研究生工作部与研究生处合署办公。主要职责是根据国家方针政策、云南省地方经济发展需求，研究制订学校学位与研究生教育工作计划；负责研究生教育改革；组织开展各类型、层次研究生的招生、培养、学科建设、学位授予及学位授权点申报等具体事务工作；负责研究生思想政治教育、研究生事务管理等工作，服务研究生全面发展。下设处办公室、招生科、培养科、学位与学科建设办公室、思想政治教育科5个科室。云南农业大学研究生教育始于1983年。2003年学校增列为博士授权单位。2007年设立博士后科研流动站。2008年被教育部确定为新增开展推免生工作的学校。