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研究生教育是潍坊医学院最高层次的学历教育。1986年，学校被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，2000年被批准为同等学力人员申请硕士学位和临床医学硕士专业学位授予单位，2012年，“公共卫生危机管理人才培养项目”经国务院学位委员会批准为博士研究生培养项目，2013年开始招收博士学位研究生。2017年获批山东省博士学位授予立项建设单位， 2018年学校临床医学学科位列esi全球前1%，公共卫生与预防医学学科为“山东省一流学科”培育建设学科。2019年“健康中国背景下重大健康风险预测与治理策略”研究项目获批招收博士后研究人员资格。

学校研究生教育坚持“服务需求、提高质量”这条主线，主动作为，真抓实干，不断推进研究生培养模式改革，加强导师队伍建设，完善学位论文质量保障体系，强化学位点支撑条件建设，持续推进研究生教育管理的规范化、制度化、科学化，研究生教育的质量和水平不断提升。经过30多年的发展，为国家培养和输送了大批高层次优秀人才。广大毕业生在各自的工作岗位上，以“志存高远、勤奋好学、知行统一、勇于创新”的优良学风，赢得了社会的广泛赞誉。