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佳木斯大学于1984年设立研究生科，隶属于教务处；1997年设立研究生处，负责研究生教育工作；2002年成立研究生党总支；2006年成立研究生学院和研究生学院党总支，与研究生处合署办公；2010年成立研究生学院党委，2015年更名为研究生部党委。

研究生部下设学科办、研招办、培养办、学位办、研工办、综合办6个科室，承担我校学科建设和学位与研究生教育工作。截至2022年6月，我校拥有全日制博士研究生115人、硕士研究生2373人，全日制在校研究生总数2488人。

研究生部各科室工作职责

学科办：一流学科和特色学科建设工作；学位点申报与建设工作；学科评估工作；博士后科研工作站和流动站建设工作；省级领军人才梯队工作；导师工作。

研招办：博士研究生招生考试录取工作；硕士研究生招生考试录取工作；佳木斯大学推免生名单上传及接收工作；全国硕士研究生入学考试报名考试点工作。

培养办：博士、硕士研究生培养工作。包括培养方案制定、课程建设、授课安排、师生互选、教学检查、期末考试、开题报告、中期检查、研究生创新培养、培养基地建设、研究生教研项目管理等工作。

学位办：博士、硕士研究生的学位工作。包括学位授予标准制定、答辩资格审查、论文评审、论文答辩、学位授予、学位信息采集及上报、论文合格抽检等工作。

研工办（团委）：研究生党务、思想政治教育、研究生日常管理、奖助贷；研究生创新创业、就业；研究生团建、研究生会及社团工作。

综合办：研究生学籍管理、档案管理；印信保管、使用；文件上传下达；职工考勤、考核；研究生教育事业统计及信息公开；网站维护与管理；毕业生学位材料建档；教育部二级学科自主设置平台年度数据填报；部内外、上级主管部门工作联系协调；部门工作计划、总结。